Durante uma visita ao Banco Português de Germoplasma Vegetal, José Manuel Fernandes destacou a importância de uma estratégia de gestão da água que priorize a proteção civil. O ministro defendeu a necessidade de evitar inundações, propondo que a água em excesso seja armazenada ou bombada para uso futuro. A nova estratégia, que será elaborada pelo grupo de trabalho ‘Água que Une’, inclui a construção de infraestruturas para armazenamento e captação de água.
José Manuel Fernandes criticou a mentalidade que se opõe ao investimento em projetos como Alqueva, enfatizando que a segurança das pessoas deve estar acima de ideologias extremas. A estratégia que está a ser desenvolvida visa assegurar água para consumo humano e agricultura, respeitando o meio ambiente.