O Sindicato dos Trabalhadores da AIMA (STM) alertou que a situação dos funcionários da instituição afeta diretamente a integração de cidadãos estrangeiros. De acordo com o STM, muitos dos novos quadros não permanecem na AIMA, resultando em um pedido frequente de transferência para outros órgãos. Com a fusão de instituições e a extinção do SEF, o número de funcionários caiu para 594, o que levanta preocupações sobre a capacidade de atender a demanda.
A falta de uma estratégia clara e a dependência de contratos a prazo são criticadas pelo STM, que advoga por uma visão de longo prazo no contexto migratório. O sindicato também lamenta o abandono dos funcionários das regiões autónomas, afetados pela retirada do subsídio de insularidade, e denuncia uma estrutura organizacional ineficiente e desordenada.