A federação defende que a transformação dos institutos politécnicos em universidades politécnicas é essencial para melhorar o ensino superior em Portugal. Esta mudança, já aprovada no parlamento, deve ser implementada de forma estratégica, dependendo da revisão do Regime Jurídico das Instituições de Ensino Superior. Os politécnicos poderão oferecer doutoramentos, mas devem cumprir requisitos como ter quatro licenciaturas e uma ligação forte ao mercado de trabalho.
A FNAEESP alerta para as desigualdades no financiamento entre os subsistemas de ensino, o que pode prejudicar o desenvolvimento das instituições no interior do país. Sem uma revisão justa do modelo de financiamento, corre-se o risco de comprometer a missão dos institutos politécnicos, que são fundamentais para a dinamização económica e cultural nas suas regiões.